資料分析到沒硬碟空間了？設定R的暫存目錄 / How to Change Directory for Temporary Files in R

6月 28, 2017 OS/Windows , Programming/R 5 Comments Edit Copy Download

最近用R在跑循序樣式勘探的時候，赫然發現程式居然跑到讓整台電腦都當機。仔細檢查之後才發現，原來R在分析的時候會用到大量的暫存空間，而這個暫存空間預設會擺在系統磁碟機當中。要如何將R的暫存目錄設到其他地方呢？網路上有不同的說法，最後我終於找到了一個解決方案，所以撰寫這篇作為記錄。

建立暫存目錄的配置檔 / Setup configuration for temporary files' directoy

請在R執行以下指令：

            r
            
        write("TMPDIR = 'D:\\tmp'", file=file.path(Sys.getenv('R_USER'), '.Renviron'))

紅字的「D:\\tmp」是你想要指定暫存目錄的路徑，它會在家目錄底下寫入名為「.Renviron」的檔案中。

接著你的工作目錄底下就會出現「.Renviron」。

為了讓「.Renviron」的設定生效，我們需要完全關閉R再重新啟動，或著你也可以用下面的方法。

RStudio有提供立即重新啟動R的功能，位於Session > Restart R中。執行Resrtart R後會出現「Restarting R session…」，執行完成之後修改暫存目錄的路徑就會生效。

我們可以試著用tempdir()指令來看看現在的暫存目錄，果然換成我們設定的「D:\\tmp」了。

在進行循序樣式探勘的時候，R會選擇用我們指定的暫存目錄路徑來擺放暫存檔。這樣就可以用更大的空間來分析檔案囉。

小結 / In closing

最後我們來談談網路上的其他做法。

有些做法主張修改tempdir()指令的內容，但這樣的做法並不會影響tempfile()指令，也不會影響到函式庫的運作，失敗。

Darren Norris有講到要在家目錄加入Renviron.site檔案，檔案內容就是設定暫存目錄的變數。不過到底要放在那個目錄才對，這就比較難確定。

StackOverflow中Matthew Plourde回答用R指令的write()跟用Sys.getenv('R_USER')來取得家目錄位置，並建立比Renviron.site優先度還要低一點的.Renviron，這是正確的方向，但是他設定的變數卻是TMP。根據Miguel Vazq的補充，在Windows環境中，要用TMPDIR來取代TMP，這就是最後的正解。

其實我們也可以把.Renviron建立在現在的工作目錄(workspace)中。但是這樣只有在這個工作目錄底下.Renviron才能發揮作用。而建立在家目錄的.Renviron的話，這個家目錄的使用者啟動R的時候都會生效。

因為修改暫存目錄的方法實在是各說紛紜，光這個小問題就花了我3個小時的時間研究，R實在是令人困擾啊。附帶一提，我一邊撰寫這篇一邊分析資料，暫存檔的檔案大小已經超過7GB了，實在是很佔空間啊。